L'organisation de Brainforest s'articule autour d'une équipe à la tête de laquelle se trouve un président, assisté d'un vice président.

La cheville ouvrière de l'Organisation n'est autre que le Secretaire Générale. Il assure l'administration de l'organisation, organise la permanence et dresse les rapports et procès-verbaux des réunions.

Un trésorier général est respondable de la gestion financière.
Plusieurs départements interviennent dans les domaines aussi divers que le tourisme, la recherche scientifique, pour ne citer que ceux là.

Le département de la communication assure la promotion de l'ONG et assure la réalisation et l'entretien du site web.